Tågstörningarna påverkade sträckorna Stockholm till Hallsberg, Karlstad, Göteborg, Linköping och Malmö.
Trafikverket meddelade strax innan klockan 13 på torsdagen att det hade brunnit i ett signalskåp, vilket fördröjde reparationsarbetet.
– Har det brunnit i ett skåp kan det ha brunnit i kablar också, och då är risken att det tar ännu längre tid än bara i dag, säger Katarina Wolffram på Trafikverkets presstjänst.
Tåget 12.30 från Gnesta till Stockholm ställdes in och ersattes med buss och fler avgångar är påverkade.
– Persontrafiken kommer att ledas om andra vägar resten av dagen, och man får räkna med omfattande förseningar, säger Katarina Wolffram.
Reparatörer arbetade på plats från kl 11.00 på torsdagen och på fredagsmorgonen kunde tågen trafikera sträckorna igen.
– Nu har vi full trafik, tågen går normalt sedan klockan 6 i morse, säger Eva Nordén på Trafikverkets presstjänst.