Mannen häktades efter förhandling i Nyköpings tingsrätt. Förutom misstanken om våldtäkt mot barn är mannen också misstänkt för sexuellt övergrepp mot barn, även där på sannolika skäl, vilket är den högre graden av brottsmisstanke.
Enligt uppgift från Åklagarkammaren i Nyköping ska den misstänkta våldtäkten ha inträffat i början av september 2016, och det sexuella övergreppet i början av december 2015.
Åklagaren Emma Olsson, som leder utredningen, är förtegen kring ärendet.
– Jag har inga kommentarer att lämna. Det är med tanke på utredningen, och till skydd för målsäganden. Vi har personer vi ska höra. Vi ska även höra målsäganden igen, säger Emma Olsson.
Åtal ska väckas senast om två veckor.