Olyckan inträffade i korsningen Fågelbovägen/Lennings väg.
Polis, räddningstjänst och två ambulanser larmades till platsen.
Bilisten ska ha klarat sig helt utan fysiska skador. Värre gick det för den 15-åring som körde mopeden.
– Han har flera benfrakturer, säger Urban Nordqvist, vakthavande befäl vid Sörmlandspolisen, till SVT.
På grund av arbetet med tunnelbygget vid Alpha är det trångt i trafiken strax söder om olycksplatsen och direkt efter olyckan var det enligt räddningstjänsten "kaos i trafiken", styrkan fick försöka dirigera trafikanterna så gått det gick.
Räddningstjänsten fick även sanera en hel del drivmedel från vägen, som hade läckt ut från mopeden.
Enligt SN:s fotograf på plats luckrades köerna upp relativt snabbt och strax innan klockan nio var räddningstjänsten klara och på väg att lämna platsen.
Under eftermiddagen meddelade Landstinget Sörmland att mopedföraren var kvar på Nyköpings lasarett och under behandling.
Här inträffade olyckan
[map type="google-maps" lat="58.75498014838383" long="17.035417556762695" zoom="14" view_type="roadmap" marker="true"]