Delstaten har plågats av kraftigt narkotikarelaterat våld de senaste åren. I kommunen Salvatierra, där kropparna påträffades, har mordfrekvensen stigit kraftigt under en pågående konflikt mellan rivaliserande drogkarteller.
Enligt myndigheterna kommer de flesta av kvarlevorna från unga personer, många av dem tonåringar. Minst tio ska vara kvinnor. Upptäckten gjordes efter påtryckningar från anhöriga till saknade personer.
Guanajuato rapporterade 2 250 mord mellan januari och augusti i år, enligt officiella siffror – en ökning med 25 procent jämfört med samma period i fjol.