Matchen förblev jämn målmässigt till Nyköping tog ledningen i 32:a minuten, genom Oscar Jonsson. Albin Eklund Söderström ökade Nyköpings ledning med knappa kvarten kvar.
3-0-målet kom med tre minuter kvar att spela, när Alex Lindvall slog till och gjorde mål.
Reduceringen till 3-1 för Västerljung kom direkt därefter när Zebastian Hult med en minut kvar att spela gjorde mål.
I 90:e minuten reducerade Västerljungs Charlie Davis på nytt. Det fastställde slutresultatet till 3-2.
Förlusten var Västerljungs fjärde uddamålsförlust.
Nyköping stannar därmed på andra plats, och Västerljung på femte plats, i tabellen.
Motståndare i sista omgången för Västerljung är Vrena. Lagen möts lördag 28 september 13.00 på Norrbyvallen.