Patricia Üre gjorde två mål, och Sara Ido ett mål för Södertälje FK, målen för IFK Nyköping gjordes av Amanda Ebbesson och Nora Ingårda.
Det här var IFK Nyköpings andra uddamålsförlust den här säsongen.
För IFK Nyköping gör resultatet att laget nu ligger på sjunde plats i tabellen, medan Södertälje FK är på fjärde plats.
Lagen möts på nytt på Östertälje IP den 3 september.
I nästa match möter IFK Nyköping Jäder hemma på lördag 17 maj 14.00. Södertälje FK möter Skogstorp onsdag 21 maj 20.00 hemma.